万历皇帝对张居正鞭尸的原因是：

1. 张居正贪污腐败，削弱了朝廷财政。
2. 张居正专权跋扈，排挤异己，导致朝堂不和。
3. 万历皇帝认为张居正不忠不孝，对他的父亲、皇祖母不敬。

在张居正死后，万历皇帝对他进行了鞭尸，以示惩戒。